塑料周转箱在用以过虑、水产养殖、储放食品等特殊用途时必须对壳体开展消毒杀菌解决。实际消毒方式能选高温消毒、消毒液擦洗或是臭氧消毒。
高温消毒法：应用高温蒸煮能够解决塑料周转箱表面大部份常见的细菌，在一定程度上达到消毒目的。应用这类消毒方式，消毒温度要依据塑料周转箱的耐热水平进行调整。
擦洗消毒液：先在塑料周转箱表面擦洗84消毒液、高锰酸钾等消毒液，消毒之后再用冷水清洗即可。注意采用的消毒液不会对塑料周转箱产生化学变化，且应用剂量要控制好。
臭痒消毒：把塑料周转箱置于臭氧环境下进行除菌消毒。由于臭氧是一种氧化剂，高浓度臭氧可能加速塑料周转箱的老化速率，因此把二氧化碳浓度适度减少到一定程度后，对塑料周转箱的影响才能变得微乎其微。